主要研究领域：
（1）单细胞和空间组学测序技术与算法开发；
（2）应用大数据与人工智能算法研究癌症和自身免疫疾病；
（3）研究染色体外环状DNA对肿瘤发生发展的促进机制。
博士，中国科学技术大学国际合作与交流部部长兼港澳台办公室主任，中国科学技术大学生命科学与医学部教授、博士生导师。2016年获国家创新人才青年基金，2021年获国家杰出青年基金。长期致力于通过生物信息学(Bioinformatics)、免疫学(Immunology)、基因组学(Genomics)和人工智能(Artificial Intelligence)的交叉融合，发展新型基因组学测序技术和生物大数据分析算法和软件，用于预测和解析大规模单细胞基因调控程序，并为人类癌症和自身免疫性疾病的精准诊断与治疗提供新见解。在Nature、Nature Methods、Cell、Cancer Cell等学术期刊上共发表论文60余篇，Google学术引用超过12000次，总影响因子超过1200，H-index 43。
教育和研究经历：
2021.06-至今: 中国科学技术大学港澳台办公室主任
2020.08-至今: 中国科学技术大学国际合作与交流部部长
2019.07-2020.07: 中国科学技术大学国际合作与交流部副部长（主持工作）
2018.12-至今: 中国科学技术大学附属第一医院，教授，博士生导师
2018.03-至今: 中国科学技术大学大数据学院，教授，博士生导师
2016.06-至今: 中国科学技术大学生命科学与医学部，教授，博士生导师
2010-2016年 美国斯坦福大学医学院，历任生物信息研究员、高级研究员、中心主任
2009-2010年 美国希望之城，贝克曼癌症研究中心，生物信息学专家
2004-2010年 美国印第安纳大学化学系，获物理化学博士学位
1999-2004年 中国科学技术大学化学物理系，获学士学位
获奖情况：
中科院人才计划终期评估优秀 2020
生命学院学术职业发展奖 2020
中科院分子细胞科学卓越创新中心 2017
生命学院学术成果奖 2017
生命学院杰出论文研究奖 2017
海外高层次人才引进青年项目 2016
ORISE Fellowship 2007
代表性学术论文：（*共同一作, #共同通讯）
1. Xuyuan Gao*, Ke Liu*, Songwen Luo*, et al, Chuang Guo#, Kun Qu# Comparative analysis of methodologies for detecting extrachromosomal circular DNA.Nature Communications, 2024 (in press).
2. Yinlei Hu*, Siyuan Wan*, Yuanhanyu Luo*, et al, Falai Chen#, Bin Li#, Kun Qu# “Benchmarking algorithms for single-cell multi-omics prediction and integration”, NatureMethods, 2024.
3. Hao Xu*, Shuyan Wang*, et al, Bin Li#, Jun Lin#, Kun Qu# “SPACEL: Deep learning-based characteization of spatial transcriptome architectures”, Nature Communications, 2023.
4. Qiaoni Yu*, Xu Liu*, Jingwen Fang*, Huihui Wu*, et al, Zhikai Wang#, Kun Qu# “Dynamics and regulation of mitotic chromatin accessibility bookmarking at single-cell resolution”, Science Advances, 2023.
5. Bin Li*, Wen Zhang*, Chuang Guo*, et al, Kun Qu# “Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution”, Nature Methods, 2022.
6. Nianping Liu*, Chen Jiang*, Pengfei Cai*, et al, Chuang Guo#, Kun Qu# “Single-cell analysis of COVID-19, sepsis, and HIV infection reveals hype rinflammatory and immunosuppressive signatures in monocytes”, Cell Reports, 2021.
7. Xianwen Ren*, Wen Wen*, Xiaoying Fan*, Wenhong Hou*, Bin Su*, Pengfei Cai*, Jiesheng Li*, Yang Liu*, Fei Tang*, Fan Zhang*, Yu Yang*, Jiangping He*, Wenji Ma*, Jingjing He*, Pingping Wang*, et al, Peipei Zhang*, et al, Penghui Zhou#, Qinghua Jiang#, Zhiwei Huang#, Jin-Xin Bei#, Lai Wei#, Xiu-Wu Bian#, Xindong Liu#, Tao Cheng#, Xiangpan Li#, Pingsen Zhao#, Fu-Sheng Wang#, Hongyang Wang#, Bing Su#, Zheng Zhang#, Kun Qu#, Xiaoqun Wang#, Jiekai Chen#, Ronghua Jin#, Zemin Zhang# “COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas ”, Cell , 2021.
8. Qian Liu*, Lisa C. Zaba*, et al, Kun Qu# & Howard Y. Chang# “Chromatin accessibility landscapes of skin cells in systemic sclerosis nominate dendritic cells in disease pathogenesis”, Nature Communications, 2020.
9. Chuang Guo*, Bin Li*, et al, Tengchuan Jin#, Jun Lin# & Kun Qu# “Single-cell analysis of two severe COVID-19 patients reveals a monocyte-associated and tocilizumab-responding cytokine storm”, Nature Communications, 2020.
10. Haohuan Xie*, Wen Zhang*, Mei Zhang*#, et al, Kun Qu# & Tian Xue# “Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSCderived retinal organoids”, Science Advances, 2020.
11. Kun Qu*, Lisa C. Zaba*, et al, Youn H. Kim# and Howard Y. Chang# “Chromatin accessibility landscape of cutaneous T cell lymphoma and dynamic response to HDAC inhibitors”, CancerCell, 2017.
12. Kun Qu*, Sara Garamszegi*, Felix Wu*, et al Jill P Mesirov# “Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace”, Nature Methods, 2016.
13. Kun Qu*, Lisa C. Zaba*, Paul G. Giresi, et al Howard Y. Chang# “Individuality and variation of personal regulomes in primary human T cells”, Cell Systems, 2015.
14. Yue Wan*#, Kun Qu*, et al Howard Y. Chang# “Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome”, Nature, 2014.
招生招聘：
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